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Le bâtiment a été construit entre 1583 et 1586 par l’architecte royal de Felipe II, Juan de Herrera, avec la fondation et patronage du monarque lui-même. Il a été agrandi au XVIIIe siècle par Carlos III, sous la direction de l'ingénieur Juan Rodríguez et Gutierrez, et était considéré comme l'un des bâtiments de type industriel plus anciens en Europe.

Abandonné le complexe industriel au XIXe siècle, il redevint une usine de farine, puis est entré dans un état ruineux et déjà au XXIe siècle a été restauré, hébergeant un Musée et le Centro de Interpretación del Acueducto.