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La fortaleza primitiva de Simancas fue construida entre 1467-1480 por los Enríquez, almirantes de Castilla, que acabaron cediéndola a los Reyes Católicos en 1490. Desde entonces fue destinada a depósito de objetos valiosos (armas, dinero, etc.) y principalmente a prisión real de máxima seguridad.

Entre 1540-1545 el emperador Carlos V creó, en una de las torres de este castillo (llamada desde entonces "torre o cubo del Archivo"), el Archivo de Simancas, destinado a custodiar los documentos de mayor relevancia jurídica para la Monarquía castellana.

Sin embargo, la gran transformación del Archivo se produjo en la segunda mitad del siglo XVI, durante el reinado de Felipe II, al comenzarse a recoger allí toda la documentación (no una selección) generada por múltiples organismos centrales de la Monarquía Hispánica: un valioso recurso informativo al servicio del poder. Para dar respuesta a este creciente volumen documental se abordó la ampliación del Archivo (hasta entonces limitado a la citada torre) sobre buena parte de la fortaleza, de acuerdo con el proyecto (1578) del arquitecto real Juan de Herrera, aunque esta actuación no se completaría hasta muy avanzado el siglo XVII.

El Archivo de Simancas fue hasta el siglo XIX uno de los grandes archivos administrativos de la Monarquía Española. En esta centuria este centro (saturado e incapaz de recibir más documentación) se transformó progresivamente en archivo histórico, al servicio de la información, la investigación y la cultura. El Archivo General de Simancas (dependiente del Ministerio de Cultura) ostenta desde 2017 la calificación de "Memoria del Mundo" otorgada por la UNESCO.