L'église de la Miséricorde est située dans le centre historique de Penafiel, en face de la Chambre municipale, et l'ensemble du complexe religieux occupe un pâté de maisons. Il s'agit d'un temple du XVIIe siècle à nef unique, avec une grande chapelle principale couverte par une voûte en berceau avec plafond à caissons. Sa construction constitue une étape importante dans l'histoire de Santa Casa et Penafiel. L'approbation royale de 1614, avec l'attribution de privilèges et l'augmentation des legs, fit de l'institution un potentat local en termes économiques, sociaux et religieux, ils construisirent un digne Temple de plus grandes dimensions et adapté à la croissance de la confrérie.
Le frère de Santa Casa et pourvoyeur en 1627/1628, Abad Amaro Moreira, décida avec sa Miséricorde de construire le temple à Rocio de Chãs (où se trouve l'église), ce qui financerait la chapelle principale, où il fut enterré avec ses héritiers. .
La construction de l'église a duré 10 ans (1621 – 1631), sa taille et la confrérie à laquelle elle était liée ont fait de ce temple l'un des plus importants de la ville et de la région, donnant une nouvelle centralité à la Vila de Arrifana de Sousa, étant donné que la zone entourant l'église principale était la plus grande importance de la ville.
Au fil des années, l'église a subi plusieurs modifications, tant sur la façade avant que sur les côtés, ce qui explique les innombrables niches, oratoires et chapelles que présente l'église à l'extérieur.
Du côté naissant, l'ancien bureau, le musée du sacristain (actuel musée d'art sacré) et aussi le magasin de notre terrain où se trouvait déjà le centre social.
À l'ouest, face à la place municipale, une riche façade inachevée, de style rocaille, aux lignes courbes et aux ornements inachevés, avec des niches à occuper, en pierre, où se détache la composition frontale formée par la porte, la niche et l'oculus, flanquée de les pierres angulaires où s'ouvrent les niches. Les travaux commencèrent en 1764, mais après plusieurs conflits entre Mercy et les puissances locales, que Mercy gagna, les travaux furent finalement arrêtés, après avoir été achevés en 1769.
Les travaux ont été financés grâce à des dons à Nuestra Señora da Lapa.
La solution trouvée fut la construction d'une chapelle en l'honneur de Notre-Dame basée sur le projet de Señora da Lapa. Actuellement, c'est la chapelle de S. Cristóvão.
En 1770, Penafiel fut élevée au rang de ville et devint diocèse, l'église de la Miséricorde étant choisie comme cathédrale sur l'invocation de saint Joseph et de sainte Marie, l'évêque Frei Inácio de S. Caetano ayant été le confesseur de la reine. Dª Maria I, n'a jamais visité sa cathédrale.
En 1778, Penafiel cessa d'être un diocèse et l'église perdit son statut de cathédrale.
À l'intérieur de l'église, se distinguent l'orgue à tuyaux et la chaise baroque du monastère de Bustelo, ainsi que 5 autels néoclassiques aux sculptures blanches et dorées.
