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Declarada Bien de Interés Cultural con categoría de Monumento en diciembre de 2020. La iglesia de San Juan en Villalón de Campos es una construcción de apariencia modesta, de la segunda mitad del siglo XV, en estilo gótico, construida mayoritariamente con los materiales tradicionales y característicos del área geográfica de Tierra de Campos: Madera, tapial y ladrillo. Situada en la calle Rúa, una de las principales calles de Villalón conocida en otros tiempos como calle Constitución o calle de San Juan, la Iglesia que se encontraba casi en el borde oeste del casco consolidado y aislada del caserío, hoy ha quedado integrada plenamente en el núcleo urbano, al fondo de una gran plaza triangular, en un entorno de interés patrimonial, junto a interesantes muestras de arquitectura popular, construcciones en adobe y ladrillo en ocasiones con soportales que sostienen pies derechos de madera o piedra, entre las que destaca el antiguo hospital.

Exteriormente la Iglesia presenta un volumen cúbico con escasa o nula diferencia de altura entre las naves, siguiendo la tipología de las Iglesias de tres naves con capilla en la cabecera planta cuadrada y torre a los pies. La torre a los pies desapareció a finales del XIX y fue sustituida por la actual espadaña. En su exterior destaca la portada meridional que daba acceso a la nave, en la actualidad sin uso y oculta por el pórtico; presenta arco de herradura doblado y ligeramente tumido, flanqueado por dos pilastras rectangulares de ladrillo. A los pies del templo se abre la portada construida en ladrillo, con gran arco de medio punto que remata en una gran espadaña de dos cuerpos. En la fachada del lado del Evangelio destaca el cuerpo de la sacristía, rematado por cornisa de ladrillo formada a base de pequeños arquillos; en el lado de la Epístola se adosa un pórtico formado por arcos de medio punto que descansan sobre pilares cuadrados. En el interior, la iglesia presenta una estética más renacentista, con «planta de salón», de tres naves alargadas de anchura irregular, la central de doble anchura, separadas por dos filas de columnas formadas por esbeltos pilares octogonales, seis en cada lado. En la cabecera, un arco apuntado separa la nave central del presbiterio, de planta cuadrada, al que se adosan la sacristía y otra serie de construcciones no integradas. A los pies se dispone el coro que aloja un órgano. Destaca el hermoso artesonado cupuliforme que cubre el presbiterio. Se trata de una interesante armadura ataujerada y policromada, de planta ochavada y sendas estrellas de a doce y a nueve en cada paño, con flores en el centro de los lazos.