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Fondé à la fin du IXe siècle, pendant le règne de Alfonso III, par un groupe de moines chrétiens cordouans, dirigés par l'abbé Alfonso, qui s'étaient établis sur les restes d'une église wisigothe consacrée à l'archange San Miguel.

En 1050 on renouvelle la fondation et on ouvre la porte à travers laquelle on a accès de nos jours au temple. Avec le Désamortissement, les dernières possessions du monastère ont été expropriés. Lors des excavations faites en 1968, les fondements de l'abside de l'église wisigothe primitive, restaurée récemment, apparurent dans le sous-sol de la chapelle romane.