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Fundado en 1982 a iniciativa del sacerdote del Sagrado Corazón de Jesús P. Ignacio María Belda, quien a lo largo de su vida recogió infinidad de piezas geológicas, arqueológicas y etnográficas fruto de su interés por las ciencias.

El museo se localiza en el Convento de San Jerónimo (anteriormente San Leonardo), un imponente conjunto de los siglos XV-XVI compuesto por el propio convento con dos claustros, la iglesia y diversas dependencias auxiliares. El mismo fue rehabilitado, tras siglos de abandono, por la orden de los Padre Reparadores-Dehonianos, con el Padre Belda al frente que dirigió personalmente los trabajos, a partir de 1960.
Los fondos conservados en este museo rondan las 5000 piezas, aunque solo están expuestas las 400 más significativas; tanto por su importancia histórica y artística, como por su variedad.
A través de ellas se puede hacer un completo recorrido por la historia y el arte, desde la prehistoria hasta la Edad Media.